Климатические условия страны определяются особенностями его географического положения и рельефа. На кыргызском Тянь-Шане, как высокогорной системе, встречаются почти все типы климата, отмеченные на земном шаре, за исключением тропического и экваториального. Располагаясь в субтропической широтной зоне внутри обширного континента, территория республики удалена от путей переноса влажных воздушных масс.
На локальные климатические условия страны большое влияние оказывают горные хребты, ограждающие ее с севера, востока и юга и защищающие от прямого проникновения холодных воздушных масс, идущих с се вера и северо-востока, а также близкие пустыни Кара-Кум и Кызыл-Кум. Внутриконтинентальное и южное положение республики обусловливает малую облачность, большую продолжительность солнечного сияния (2537-2880 час. в год), высокую интенсивность солнечной радиации, повышенную ионизацию воздуха, продолжительный безморозный период (до 188 дней в году).
Горный характер территории определяет наличие трех климатических поясов: низкогорного, среднегорного и высокогорного. В поясе высот 500-1000 м над уровнем моря, обращенных к северу и западу, климат полупустынный.
Лето здесь жаркое, засушливое, средняя температура июля +25С, осадков выпадает всего 150-350 мм в год. Зимой же наблюдаются большие различия в температурах окраинных и межгорных долин. В окраинных зима сравнительно короткая и мягкая, особенно в Ферганской долине.
Суровая зима наблюдается на сыртах и в высокогорных долинах Ак-Сая, Арпы, Алая и др. На отметках выше 1200 м над уровнем моря климат умеренно-теплый, лето теплое, зима прохладная. Осадков выпадает 400-600 мм в год, преимущественно весной. В пределах высот 2000-3000 м. климат умеренный, лето прохладное, зима довольно холодная и продолжительная. Годовое количество осадков, особенно на западных склонах, превышает 600 мм в год.
Распределение осадков в течение года неравномерное. Наибольшее их количество приходится на осенне-зимний и весенний периоды. Воздушные массы при вторжении на территорию республики, встречая на своем пути высокие горные сооружения, охлаждаются и конденсируют влагу. Наветренные склоны - западные и юго-западные - увлажняются больше, чем восточные. В зависимости от высоты над уровнем моря и расположения склонов гор количество годовых осадков сильно различается. На высотах 600-1000 м. над уровнем моря оно в год достигает 300—350 мм. В поясе 2000-3000 м - 600-800 мм в год.


Большие различия наблюдаются по склонам Ферганского хребта и в восточной части Прииссыккулья. Так, на западном побережье озера осад ки составляют 115 мм в год, а на восточном — 569 мм. Несмотря на наличие обширных пространств с минимальным количеством атмосферных осадков и бесснежной зимой, ландшафты характеризуются хорошей увлажненностью в период вегетации растений . Горный характер местности, значительная высота над уровнем моря и сильная расчлененность рельефа предопределяют исключительное разнообразие природной среды и соответственно разнообразие естественных ландшафтов.