Юнона орхидная является эндемиком Западного и Северного Тянь-Шаня, в пределах территории Узбекистана, Таджикистана, Кыргызстана и Южного Казахстана, причём наибольшая часть видового ареала находится в Кыргызстане. Произрастает этот эфемероид локально в полупустынях и сухих степях на мелкоземистых, глинистых, щебнистых и каменистых склонах от предгорий до среднегорий, на высотах от 900 до